Na UFRJ, a deliberação cabe sempre a um órgão colegiado (conselho ou congregação). A direção, a uma estrutura de caráter executivo. No nível superior, a instância máxima de deliberação é o Conselho Universitário; a de direção, a Reitoria. Nos Centros Universitários, respectivamente, o Conselho de Coordenação e a Decania. E nas unidades universitárias, a Congregação e a Diretoria. Os órgãos colegiados obedecem ao princípio da gestão democrática, com representação de alunos, professores e técnicos administrativos.
Na instância superior, quatro conselhos definem a estrutura administrativa e acadêmica da UFRJ: o Conselho Universitário (Consuni), o Conselho de Curadores, o Conselho de Ensino de Graduação (CEG) e o Conselho de Ensino e Pesquisa para Graduados (CEPG). Esses órgãos têm jurisdição sobre toda a universidade. O Consuni é órgão deliberativo máximo da Estrutura Superior. O Conselho de Curadores é órgão deliberativo para assuntos de patrimônio. O Conselho de Ensino de Graduação (CEG), órgão deliberativo em matéria didática e pedagógica, e o Conselho de Ensino para Graduados (CEPG), na orientação da pesquisa e em matéria pedagógica e didática para graduados. A Reitoria é o órgão superior de direção.
Nos Centros Universitários, o órgão máximo de deliberação é o Conselho de Coordenação, também chamado de Conselho de Centro. Convocado e presidido pelo Decano, o Conselho do CCJE é composto pelos Diretores das Unidades e Órgãos Suplementares, seis representantes docentes, três representantes dos alunos e três dos técnicos administrativos. Esses representantes são eleitos por seus pares por um período de dois anos, ou um ano (no caso da representação discente). Além disso, são membros do Conselho com direito a voz, mas não a voto, todos os representantes do CCJE nos conselhos superiores. As competências do Conselho de Coordenação estão descritas no Regimento do CCJE, elaborado pelo próprio Conselho e aprovado pelo Consumi. O Conselho de Centro se reúne uma vez por mês, com agenda pré-fixada. As atas são disponibilizadas neste site.