O CEPG, Conselho de Ensino e Pesquisa para Graduados, é o órgão deliberativo da estrutura superior da UFRJ responsável pelas diretrizes didáticas e pedagógicas dos cursos de pós-graduação. É composto por membros eleitos em cada um dos Centros Universitários e presidido pelo Pró-Reitor de Pós-Graduação e Pesquisa.

Entre as inúmeras atribuições do CEPG está a análise e homologação de processos referentes a criação e implantação de cursos de pós-graduação; defesa de dissertação/tese; proposta inicial de curso lato sensu, relatório final e emissão de certificado; implantação e exclusão de disciplinas; aproveitamento de créditos.

A demanda social por um ensino de qualidade comprometido com a formação continuada de profissionais e acadêmicos das mais diversas áreas fez com que a UFRJ multiplicasse os cursos de pós-graduação. A nova realidade refletiu-se fortemente sobre o CEPG, e o acúmulo de tarefas apontou para a necessidade de ampliar a autonomia das unidades e órgãos suplementares, dando-lhes responsabilidade crescente na administração acadêmica de seus programas e cursos de pós-graduação.

Assim surgiram as Comissões de Pós-Graduação e Pesquisa como instância hierárquica intermediária entre o CEPG e os programas de pós-graduação das unidades e órgãos. Também conhecida como Cepguinho, a Comissão de Pós-Graduação e Pesquisa atua como instância deliberativa por delegação do CEPG e pode envolver mais de uma unidade, como é o caso do CCJE.  Os programas de pós-graduação das unidades e órgãos do CCJE ficam, pois, submetidos à Comissão de Pós-Graduação e Pesquisa do Centro.

A autorização para instituir programas e cursos de pós-graduação, por exemplo, só pode ser solicitada pela unidade ao CEPG após aprovação pela Comissão de Pós-Graduação e Pesquisa, pela Congregação ou colegiado equivalente e pelo Conselho de Centro. Após autorização do CEPG, a solicitação e a recomendação dos novos programas e cursos são encaminhadas ao Ministério da Educação. Como o CEPG pode suspender a autorização de funcionamento de um programa ou curso em função de insuficiência de desempenho acadêmico, também cabe ao Cepguinho fazer esse acompanhamento.

A Comissão de Pós-Graduação e Pesquisa é dirigida pela Coordenadora de Pós-Graduação do CCJE, Ana Carolina Fonseca.

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